Alternieren bedeutet “wechseln”; eine Alternation ist ein Wechsel zwischen zwei Ausdruckseinheiten in dem Sinne, daß sie alternativ [!] auftreten. Die beiden Einheiten heißen Alternanten. Alternation ist eine Form sprachlicher Variation.

Eine Alternation zweier Ausdruckseinheiten kann verschiedenartigen Status im Sprachsystem haben.

1. Es kann eine rein phonetische Alternation sein, die grammatisch und semantisch irrelevant ist. Das gilt etwa für die Allophonie von [ç] und [χ] im Deutschen.
2. Es kann eine phonologische Alternation sein, d.h. es können Phoneme miteinander wechseln, ohne daß ein Bedeutungsunterschied damit verbunden ist.
   • Die Alternation kann phonologisch konditioniert sein. Das gilt zum Teil für den Wechsel von [k] ~ [ʧ] im Italienischen.
   • Die Alternation kann morphologisch konditioniert sein. Das gilt etwa für den anderswo beschriebenen Wechsel yukatekischer Halbvokale.
3. Es kann eine morphologische Alternation sein, d.h. es können morphologische Einheiten miteinander wechseln.
   • Es wechseln Morphe miteinander, wie im englischen Plural cow-s vs. ox-en. Dann ist es Allomorphie.
   • Es wechseln Morpheme miteinander, der Wechsel der Ausdruckseinheiten bedeutet also einen grammatischen Unterschied. Das gilt z.B. für den deutschen Ablaut in Formen wie spring : sprang.

Wie man sieht, fallen völlig verschiedene Dinge unter den Begriff ‘Alternation’; es ist also ein vortheoretischer Begriff.